本文是全系列中第7 / 7篇：生物信息学笔记

生物信息学笔记1

生物信息学笔记2：主机及环境配置

生物信息学笔记3：练手序列的准备

生物信息学笔记4：hisat2的下载安装及环境配置

生物信息学笔记5：用hisat2软件包建立基因组index

生物信息学笔记6：hisat2比对生成sam文件

生物信息学笔记7：对sam文件重新排序

« 上一篇文章

通过hisat2比对得到sam文件，如果重复多次用同一个命令比对同一条序列，每次得到的sam文件其实是大小一样但内容顺序不同的文件，所以我们需要用软件进行重新排序。

在sam文件所在目录建立bam1.sh文件：

touch bam1.sh

nano bam1.sh

在文本编辑器中输入：

for i in *.sam;

do

i=${i%_align.sam*};

nohup samtools sort -@ 1 -o ../bam-dta/${i}.bam ${i}_align.sam 2>/mnt/hgfs/dnaseq/chrX_data/third/bam-dta/${i}bam.log &

done

保存后，运行该sh文件：

sh bam1.sh

运行完毕后在bam-dta目录下生成排序好的bam文件，如下图：